Среди мух есть как обитатели дикой природы, так и синантропные виды, экологически связанные с поселениями человека. Синантропные мухи представляют опасность для здоровья человека и домашних животных.
С эпидемиологической точки зрения роль мух особенно велика в распространении кишечных и глазных инфекций. Соприкасаясь с фекалиями, мухи получают возбудителей дизентерии, брюшного тифа, холеры, а также цисты простейших и яйца гельминтов. Возбудители этих болезней сохраняются на теле насекомых в течение нескольких суток, Они не теряют вирулентность и в кишечнике мух, Пройдя в вирулентном состоянии через пищеварительную систему, возбудители вместе с отрыжкой и фекалиями мух попадают на пищу человека и предметы домашнего обихода. Мухи могут быть причастны к передаче пищевых токсикоинфекций. Возбудителей этих заболеваний они получают, питаясь на трупах животных и мясе, хранящемся с нарушением санитарных правил.